Der Zertifikatehandel findet auf zwei Ebenen statt: auf der staatlichen Ebene, dem „regulierten Markt“ und auf dem „freiwilligen Markt“.
a. Regulierter Markt
Grundlage für den internationalen Klimaschutz ist das Kyoto-Protokoll, welches konkrete und verbindliche Vorgaben für die Reduktion klimaschädlicher Treibhausgase macht und gleichzeitig mögliche Instrumente – die drei „flexiblen Mechanismen“ –nennt, anhand derer die Staaten ihre Emissionen reduzieren können: „Emissionshandel“, „Clean Development Mechanism“ (CDM) und „Joint Implemantation“ (JI).
Für diese Mechanismen werden die Reduktionsverpflichtungen in Emissionsrechte umgerechnet, die jedem Vertragspartner des Kyoto-Protokolls zustehen.
Beim Emissionshandel werden den einzelnen beteiligten Staaten jeweils eine bestimmte Menge Emissionsrechte zugesprochen und ihnen wird gestattet, diese Rechte untereinander zu handeln. Die in den jeweiligen Staaten beteiligten Unternehmen) können nun individuell entscheiden, ob sie Investitionen in neuere, klimafreundlichere Technologien tätigen, so ihre Emissionen reduzieren und dadurch überzählig gewordene Zertifikate am Markt veräußern.
Diese Entscheidung hängt in erster Linie vom Marktpreis der Zertifikate ab: Liegen die Grenzvermeidungskosten unter dem Marktpreis, entscheidet sich ein Unternehmen für eine technische Investition und erwirtschaftet Zertifikatserlöse am Markt. Hingegen wird ein Unternehmen, dessen Grenzvermeidungskosten über dem Marktpreis liegen, Zertifikatsrechte erwerben, anstatt zu investieren.
CDM-Projekte zielen auf die Kooperation zwischen Industrie- und Transformationsstaaten ab. Industrieländern (genauer gesagt den im Annex B des Kyoto-Protokoll genannten Länder) und deren Unternehmen ermöglicht das Instrument des CDM, Maßnahmen zur CO2-Reduktion in einem Entwicklungsland durchzuführen. Dabei müssen die Investor-Länder verbindliche Reduktionsverpflichtungen eingegangen sein, die Gastländer hingegen nicht. Da es somit keine Möglichkeit der Verrechnung gibt, erhalten die Projektentwickler zusätzliche Emissionsrechte. Diesen Rechten stehen oftmals keine realen Minderungen gegenüber, da CDM-Maßnahmen überwiegend nicht zusätzlich zu Maßnahmen erfolgen, die sowieso in Entwicklungsländern realisiert worden wären.
Das Instrument Joint Implementation (JI) ermöglicht es einem Industriestaat oder einem Unternehmen, in einem anderen Industriestaat emissionsreduzierende Projekte durchzuführen. Darin liegt auch der wesentliche Unterschied zum CDM: die Projekte werden nicht in einem Entwicklungsland durchgeführt, sondern in einem anderen Industrieland. Die im Gastland erzielten Reduktionen werden dem Projektentwickler gut geschrieben, aber zugleich werden dem Gastland Emissionsrechte abgezogen, sodass die Summe der Emissionsrechte (bzw. Reduktionsverpflichtungen) gleich bleibt.
In seinem Positionspapier Klimaschutz nach 2012 erläutert der BUND mögliche Gefahren einer verstärkten Nutzung von JI und CDM.
b. Freiwilliger Markt
Die auf diesem Markt erzielten Emissionsreduktionen können nicht im Rahmen des offiziellen Emissionshandels verkauft und erworben werden. Es gelten daher auch nicht die Qualitätsstandards der Vereinten Nationen. Genau genommen kann hier jeder ein Klimaschutzprojekt ins Leben rufen und den Geldgebern eine Bescheinigung oder ein Zertifikat ausstellen, dass durch ihr Geld eine bestimmte Menge an Treibhausgasen eingespart wurde. Die Zertifikate dieses Marktes werden daher auch nur als VERs, (Verified Emission Reduction Units) bezeichnet und nicht als CERs (Certified Emission Reduction Units) wie auf dem regulierten Markt.
Der freiwillige Markt ist derzeit noch deutlich kleiner als der regulierte, seit einiger Zeit jedoch in enormem Boom begriffen. Da dieser Markt nicht reguliert wird und es keine einheitlichen Qualitätsstandards gibt, sind auf ihm viele Projekte zu finden, bei denen die tatsächliche Einsparung von Treibhausgasen fragwürdig und umstritten ist.
Ein Beispiel hierfür sind Aufforstungsprojekte. Zumal die Projekte häufig kleiner und damit kostengünstiger sind, versuchen viele Unternehmen, sich anhand solcher Projekte ein grünes Image zu verpassen, ohne jedoch ihre eigentliche Wirtschaftsweise wirklich ökologischer oder klimafreundlicher zu gestalten. Sicherlich gibt es auch auf dem freiwilligen Markt gute und sinnvolle Projekte, in die es sich zu investieren lohnt (z.B. Gold Standard). Es gilt aber, dies anhand von geeigneten Kriterien zu überprüfen.